Обычно метод ИКСИ необходим при факторе мужского бесплодия: когда мало морфологически правильных сперматозоидов, когда они малоподвижны или когда их малое количество на 1 мл эякулята. Также, если в процессе протокола получено мало яйцеклеток, ИКСИ применяют с целью повышения процента оплодотворения.